La segunda fase de la variante se compone de 4 grandes y complejas estructuras con un total de 4,7 kilómetros de longitud que cruzan los túneles de Arnotegui y Seberetxe y los viaductos que sobrevuelan la AP-68 y el valle del Bolintxu. Los trabajos comenzaron en enero de 2019 y ha supuesto una inversión de 220 millones de euros.
Como una de las principales novedades, la Supersur contará con el primer peaje free-flow de Bizkaia. Mediante este sistema de cobro sin barreras, el vehículo no tiene que detenerse ni aminorar la marcha.
Los pórticos de peaje estarán ubicados en Venta Alta, registrando el paso de cada vehículo que sale o entra a la Supersur hacia o desde la AP-68, así como en las entradas a la Supersur de Trapagaran, corredor del Kadagua y Larraskitu.
Si se dispone de un OBE (dispositivo telemático de pago o telepeaje) la persona usuaria no debe hacer nada. Los dispositivos de control de los arcos detectarán el dispositivo OBE en cada uno de los pasos por los puntos de control y realizarán el cargo del importe que corresponda contra ese dispositivo.
Si no se dispone de dicho dispositivo, es suficiente con que la persona usaría asocie su matrícula a un medio de pago en la web de Interbiak, en la plataforma Bidesaria.
A partir del 1 de abril, como paso previo a poner en marcha el free flow, las vías de entrada de la Supersur dejarán de emitir ticket y el proceso de identificación se hará con la lectura de la matrícula.